اخبار علمی

PROPER-seq

هیچ پروتئینی جزیره نیست. پروتئین ها با یکدیگر تعامل دارند تا دستگاه کل ارگانیسم را فعال نگه دارد. بدون تداخل پروتئین و پروتئین (PPI) ، هیچ واکنش بیوشیمیایی ، انتقال پیام ، دفاع ایمنی و به طور خلاصه ، امکان زندگی وجود نخواهد داشت. همه PPI های موجود در یک سلول یک شبکه پیچیده از نظر سلامت و بیماری را تشکیل می دهند و برای رمزگشایی با دقت به زمان و منابع قابل توجهی نیاز دارند. محققان به سرپرستی شنگ ژونگ ،در یک آزمایش ، فناوری جدیدی را توسعه داده اند که قادر به تشخیص PPI ها در بین هزاران پروتئین است. این ابزار ، PROPER-seq (پروتئین پروتئین) نامیده می شود. این ابزار به محققان اجازه می دهد تا شبکه تعامل پروتئین را در سلول ها در عرض چند هفته ، بدون هیچ منبع خاصی مانند آنتی بادی ها یا کتابخانه های ژنی ، ترسیم کنند. محققان PROPER-seq  را در سلولهای کلیه جنینی انسان ، لنفوسیت های T  و سلول های اندوتلیال استفاده کردند و 210518 PPI  شامل 8635 پروتئین را شناسایی کردند. PROPER-seq  قادر است در یک آزمایش 10 هزار جفت پروتئین را اسکن کند.PROPER-seq   هر برهمکنش را با یک دنباله RNA  منحصر به فرد مانند بارکد برچسب گذاری می کند. سپس این بارکدها را از طریق توالی یابی نسل بعدی می خواند. تیم Zhong  تکنیکی به نام SMART-display  را توسعه داد که این بارکدRNA  منحصر به فرد را به هر پروتئینی متصل می کند. سپس آنها روشی را به نام “جوجه کشی ، بستن و تعیین توالی” (INLISE) ابداع کردند تا جفت بارکد DNA  را که به دو پروتئین متقابل متصل شده است به یک توالی کایمری پیوند دهد. یکی دیگر از اجزای مهم PROPER-seq  یک بسته نرم افزاری به نام  PROPERseqTools  است که شامل ابزارهای آماری برای شناسایی فعل و انفعالات پروتئین و پروتئین از داده های توالی DNA نسل بعدی است. این سه ابزارSMART-display ، INLISE  و PROPERseqTools با هم به عنوان PROPER-seq  شناخته می شود.

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *